Переход с ~amd64 на amd64

Раскатай рядом на разделе stage3, монтируешь туда портежи, proc (портежи можно монтировать при помощи mount --bind) и чрутишься туда. Монтируешь корень куда-нибудь в /mnt. Теперь ты в рабочей системе, а снаружи не рабочая.
Выстанавливаешь переменную окружения $SYSROOT на /
Создаешь скрипт:

#!/bin/bash
CBUILD=$(portageq envvar CHOST)
PORTAGE_CONFIGROOT="$SYSROOT"
if [[ "$1" == "--root" ]] ; then
ROOT="$2"
shift 2
else
ROOT="$SYSROOT"
fi
export CBUILD PORTAGE_CONFIGROOT ROOT
emerge $*

Далее вызываешь его как emerge:
./xmerge --root /mnt/путь/до/корня/системы опции для emerge

Теперь рабочая система из stage3 будет собирать и устанавливать пакеты в сломанную систему. Можно даже glibc даунгрейдить. Ну и далее, наверное, полная пересборка системы.