На разных профилях разный автологин

Варианта два:
1. В init сценарии в initramfs написать код, который будет подменять или изменять файл настроек с автологином вашего DM.
2. Написать скрипт (сценарий запуска), который будет править настройки автологина вашего DM. Скрипт нужно добавить на уровень запуска и указать, что его нужно запускать перед DM или что он нужен для запуска DM.

Естественно вам нужно разобраться где хранятся настройки автологина вашего DM.

В случае кода в initramfs можно как жёстко указать, что в случае одного initramfs изменять настройки под определённого пользователя, в случае другого initramfs под другого определённого пользователя, а можно сделать разбор параметров, переданных ядру.

А в случае сценария запуска можно сделать только отслеживание параметров, переданных ядру.

Параметры ядра можно смотреть через /proc/cmdline:

cat /proc/cmdline

Дополнение:
Когда заходит второй пользователь то монтируется truecrypt диск, вот так: slicks.name/linux/integraciya-truecrypt-v-gdm.html
/etc/gdm/Init/Default

if !(echo `mount` | grep -q "/home/пользователь type")
then
truecrypt путь-к-образу-Truecrypt /home/пользователь
fi

Чуть раскрою тему с local.d

Есть папка /etc/local.d/
В нее можно класть скрипты вида имя_скрипта.start
Они будут запущены после boot/sysinit.

В скрипте можно смотреть с какими параметрами стартовало ядро. Например:

if grep -q "LoginUser=smith" /proc/cmdline
then
   cp настройки.логин.менеджера.для.smith настройки.логин.менеджера
else
   cp настройки.логин.менеджера.для.ivan настройки.логин.менеджера
fi

Или, в более общем виде:

# Желающие могут сделать это через awk, sed или любым другим общественно-опасным способом
LOGINUSER=`grep -Po '(?<=LoginUser=)\S+' /proc/cmdline`

[ -z $LOGINUSER ] || cp настройки.логин.менеджера.для.$LOGINUSER настройки.логин.менеджера

Вместо cp можно использовать ln -s или еще что-то по вкусу.

Ну, а LoginUser через grub передается просто как параметр типа:
kernel /boot/kernel-genkernel-xxx-gentoo root=/dev/ram0 real_root=/dev/sda3 LoginUser=smith