Windows7 убивает Grub.

Что то я сомневаюсь, что проблема в том, что windows "хочет" один раздел на флешке.

Но есть возможность обойти и эту ситуацию, в случае, если ТС поместит файлы загрузчика и образ ядра c initrd на первый раздел с FAT32.

Что я предлагаю:
Команда mount может монтировать файловую систему на разделе или диске, в этом случае суперблок (начало) файловой системы ищется с начала диска или раздела, но так же можно монтировать и с помощью опции "offset=XXX", я указал выше скрипт, где это реализовано.

Поэтому на флешке можно оставить один раздел с FAT32, не на весь объём, к примеру на половину., создать ещё один раздел, отформатировать его в reiserfs к примеру, поставить на него gentoo., затем запомнить номер сектора, с которого начинается раздел на флешке и удалить раздел.

Для такого монтирования придётся сделать свой initrd и написать свой скрипт Init, в котором указать поиск первого раздела (FAT32) по UUID или метке, затем отбрасываем последний символ (1) с индексом раздела, получаем имя устройства флешки, дальше монтируем корень и переходим в него.

Вот эту функцию для поиска раздела по метке нужно переработать:

uuidlabel_root() {
    for cmd in $(cat /proc/cmdline) ; do
        case $cmd in
        root=*)
            type=$(echo $cmd | cut -d= -f2)
            if [ $type == "LABEL" ] || [ $type == "UUID" ] ; then
                uuid=$(echo $cmd | cut -d= -f3)
                a=$(findfs "$type"="$uuid")
                ROOT=${a:8}
                mount -o offset=XXX,ro $ROOT /mnt/root
            else
                mount -o ro $(echo $cmd | cut -d= -f2) /mnt/root
            fi
            ;;
        esac
    done
}

В /etc/fstab предварительно нужно поместить такую запись:

/dev/sdX   /   reiserfs offset=XXX,rw 0 0

Где XXX - смещение относительно начала диска.
sdX на разных ПК может быть разным, его определяем выше.

Правим /etc/fstab на смонтированном корневом разделе с указанием нового размещения корневого раздела:

mv /fstab /mnt/root/etc/fstab
echo -e "\n/dev/$ROOOT\t/\t\treiserfs\t\toffset=XXX,rw\t0 0\n" >> /mnt/root/etc/fstab

Значение $ROOT (имя устройства флешки) определяется выше, значение offset статично и известно вам.

Файл /fstab пустой, только с заголовком, предварительно лежит в initrd.

И собственно осуществляем переход в систему (смену корня):

# Clean up.
umount /proc
umount /sys

# Boot the real thing.
exec switch_root /mnt/root /sbin/init -c /dev/tty1

Если не совсем понятно, что я написал, поясню, по возможности, графически:

[mbr] [   partition1 FAT32  ] [  unallocated disk space  ]
...
[mbr] [  grub,kernel,initrd ] [  root filesystem gentoo  ]
...
[mbr] [  grub,kernel,initrd ] [     mount offset fs      ]
...
[         offset            ] [  root filesystem gentoo  ]

Так для windows будет "казаться", хотя так и будет на самом деле, что на флешке один раздел и не размеченная область, в которой находится корневая файловая система gentoo.

Вот более подробно про создание своего initrd: http://en.gentoo-wiki.com/wiki/Initramfs