[ГТО] Несоотсветствие ядро-заголовки

Если какому-то пакету что-то не понравится - он вам так и скажет "Даешь новые headers" ;)
ЗЫ Работает - не трогай, сломал - сам виноват. Есть некоторые рекомендации при обновлениях, например, gcc или ядра, за которыми нужно выполнять некоторые манипуляции с другими пакетами, которые, в свою очередь вы можете найти на вики генту.орг
И подобных манипуляций не так и много(все есть в вики). Остальное как всегда - стандартно: в случае проблем смотрим ибуилд на предмет зависимостей и сравниваем со своими,и при необходимости, обновляем и\или пересобираем. Некоторые "тонкости" узнаете только на опыте...Фокусов нет - просто смотрите в ebuild пакета.