Зацикливание установки приложений

Сразу предупреждаю, что новичок, поэтому вопрос может быть дурацким. Извиняйте, если чего не так. Поставил систему согласно хендбуку, грузится, живая. Но есть проблемка. При попытке поставить, ну к примеру, links, установка зацикливается. пишу, к примеру, emerge links, система нормально скачивает с нета всё, что надо, процесс идёт, потом выдаётся что-то вроде
config status: warning: makefile.in seems to ignore the --datarootdir setting и т.д. и всё по-новой.
Такая радость появляется избирательно, не со всеми приложениями. В общем, как забороть эту штуку?