Непонятно

судя по результатам поиска в gentoo есть:

* x11-wm/beryl
* x11-wm/beryl-core
* x11-plugins/beryl-plugins
* x11-plugins/beryl-dbus
* x11-misc/beryl-settings
* x11-misc/beryl-manager

ели попробовать поставить:

evadim ~ # ACCEPT_KEYWORDS=~x86 emerge -pv beryl

These are the packages that would be merged, in order:

Calculating dependencies             ... done!
[ebuild  N    ] x11-wm/beryl-core-0.1.2  2,138 kB 
[ebuild  N    ] x11-plugins/beryl-plugins-0.1.2  USE="dbus" 1,806 kB 
[ebuild  N    ] x11-plugins/beryl-dbus-0.1.2  220 kB 
[ebuild  N    ] x11-misc/beryl-settings-0.1.2  293 kB 
[ebuild  N    ] x11-apps/xlsclients-1.0.1  USE="-debug" 73 kB 
[ebuild  N    ] x11-apps/xvinfo-1.0.1  USE="-debug" 73 kB 
[ebuild  N    ] x11-misc/beryl-manager-0.1.2  127 kB 
[ebuild  N    ] x11-libs/libwnck-2.16.2  USE="-debug -doc" 456 kB 
[ebuild  N    ] x11-wm/emerald-0.1.2  USE="-debug" 451 kB 
[ebuild  N    ] x11-wm/beryl-0.1.2  0 kB 
[ebuild  N    ] x11-misc/emerald-themes-0.1.2  1,326 kB 

исходя из вышеизложенного какие-то куски берила после его сноса остались. А так как они замаскированы - он про это и напоминает

А по моему он просто в /var/lib/portage/world остался. Почему - вопрос другой.