Программы. USB-флаги

Что вы под этим подразумеваете? Если меньшее число пакетов и отсутствие пакетов, которые не являются чьими-либо зависимостями, то да, в будет именно так.

Ещё раз, USE флаг влияет лишь на опции с которыми будет собрана программа, к примеру возьмём пакет app-emulation/wine, у него вот такой набор флагов:

IUSE="+abi_x86_32 +abi_x86_64 +alsa capi cups custom-cflags dos elibc_glibc +fontconfig +gecko gphoto2 gsm gstreamer +jpeg lcms ldap +mono mp3 ncurses netapi nls odbc openal opencl +opengl osmesa oss +perl pipelight +png +prelink pulseaudio +realtime +run-exes samba scanner selinux +ssl test +threads +truetype +udisks v4l +X xcomposite xinerama +xml"

Флаши +abi_x86_32 +abi_x86_64 отвечают за поддержку архитектур, они по умолчанию активирированы в данном случае и они диктуют, что, если система 64 битная и профиль не no-multilib, то будет собран 32 битный и 64 битный WINE.

Флаг +alsa так же по умолчанию включён, он указывает, что при конфигурировании будет задействован параметр '--with-alsa'

$(use_with alsa)

т.е. сценарий конфигурирования ./configure будет вызван с дополнительной опцией

./configure --with-alsa

и в качестве зависимости к этому флагу нужны библиотеки alsa:

alsa? ( media-libs/alsa-lib )

Флаг cups активиреут поддержку печати (доступа к cups), тянет по зависимостям

cups? ( net-print/cups:= )

и задействует вызов сценария конфигурирования с дополнительным параметром

$(use_with cups)

./configure --with-cups

И так далее со всем USE флагами, за подробностями вот сюда http://sources.gentoo.org/cgi-bin/viewvc.cgi/gentoo-x86/app-emulation/wine/wine-1.7.21.ebuild.

Т.е. USE флаг активирует или деактивирует опцию конфигурированя исходников программы, которая добавляет или убирает поддержку некоторых возможностей программы. Дополнительные программы, которые не являются зависимостями, нужными при сборке или работы программы он не управляет. Все дополнительные программы, которые вам могут потребоваться вам нужно будет ставить отдельно, нет какого-либо параметра для emerge, который заставит его вместе с программой установить "рекомендованные пакеты", всё чт может быть относительно таких пакетов, так это сообщение в выводе emerge после установки программы, что дескать для этой программы вам так же может потребоваться в некоторых случаях, вот такие пакеты, например так сделано у пакетс chromium, после его установки emerge вам выведет вот такой текст:

Some web pages may require additional fonts to display properly.
Try installing some of the following packages if some characters
are not displayed properly:
- media-fonts/arphicfonts
- media-fonts/bitstream-cyberbit
- media-fonts/droid
- media-fonts/ipamonafont
- media-fonts/ja-ipafonts
- media-fonts/takao-fonts
- media-fonts/wqy-microhei
- media-fonts/wqy-zenhei

Depending on your desktop environment, you may need
to install additional packages to get icons on the Downloads page.

For KDE, the required package is kde-base/oxygen-icons.

For other desktop environments, try one of the following:
- x11-themes/gnome-icon-theme
- x11-themes/tango-icon-theme

и далее уже вы сами можете ставить указанные пакеты, а можете не ставить.

Если же говорить об xfce, то есть пакет xfce-base/xfce4-meta, который по зависимостям "тянет" другие пакеты:

RDEPEND=">=x11-themes/gtk-engines-xfce-3:0
	x11-themes/hicolor-icon-theme
	>=xfce-base/xfce4-appfinder-4.10
	>=xfce-base/xfce4-panel-4.10
	>=xfce-base/xfce4-session-4.10
	>=xfce-base/xfce4-settings-4.10
	>=xfce-base/xfdesktop-4.10
	>=xfce-base/xfwm4-4.10
	!minimal? (
		media-fonts/dejavu
		virtual/freedesktop-icon-theme
		)
	svg? ( gnome-base/librsvg )"

http://sources.gentoo.org/cgi-bin/viewvc.cgi/gentoo-x86/xfce-base/xfce4-meta/xfce4-meta-4.10.ebuild