Как сделать лучше

Ты уверен, что они кому-то нужны. И берёшь на себя обязанность править скрипты и вносить исправления в случае обнаружения ошибок и глюков в их работе ?

Какого вида? Но вообще это плохо.

/etc/portage/
            package.keywords/
                            main
                            xorg-server
                            qt
                            kde
                            ...
            package.use/
                        main
                        xorg-server
                        qt
                        kde
                        ...
            package.mask/
                        main
                        nvidia-drivers
                        audacious
                        ...
            package.umask/
                         main
                         nvidia-drivers
                         audacious
                         ...

Как-то так, это примерно. Ещё есть директория с изменениями параметров профиля.

А нафига всё это надо? Тут всё сводится к тому, с чем проще разбираться и работать. Если предлагаемые скрипты оставляют нужду разбираться с масками, флагами и прочими причиндалами, то тогда нафига разбираться ещё и со скриптами? Лично меня абсолютно устраивает нынешняя система. Я знаю что в ней и как, и не испытываю желания привносить в неё элемент неизвестности, который ничего кроме этой самой неизвестности не добавляет.

Декларация прекрасна стилем (каждый сам додумает чего ему не хватает и как оно должно работать).
Но может быть стоит утрудить себя оформлением проектной документации в соответствии с требованиями ГОСТ?

Самое интересное здесь не оно, а значность сходимости пространства решений.

В дополнение к предыдущему: можешь обосновать выбор _единственно_ правильного варианта?

Первый вариант однозначно лучше.

Проблема стандартная: те, кому может потребоваться второй пункт ниасилят корректного указания входных данных, остальным же оно либо не нужно, либо у них есть набор своих велосипедов.

ЗЫ: Костик, источником вдохновения не поделишься?

Это типа такой flaggie?

1. пока что не видно предмета спора.
хотелось бы увидеть хотя бы один скрипт и как он используется и каков результат
Можете выложить эти скрипты на блоге gentoo.ru и по каждому в отдельности спросить что непонятно.

2. система по дизайну использует *.ebuild в для установки чего либо
поэтому сваливать в рутовый хомяк еще и набор непонятных скриптов как то не очень правильно...
а то получается как нищий вирус под линукс - вы меня скачайте, соберите, рутовые права дайте, и запустите ...

3. пожалуйста уважайте собеседников.
это не первая и не последняя ветка форума которая либо ламинируется либо вырезается.

Мне одному кажется, что тут попахивает троллингом, или нет?
Человек вроде как написал скрипты, но даже ничего не предъявил. При этом ещё объявляет, что они делают всё автоматом и "перегоняют в нужный вид".
Тем не менее ведь наверняка кому надо уже давно хватило желания и сил написать собственные, не крича об этом всем подряд.
В конце концов было бы чем - можно было бы и поделиться. Только лишь словоблудие разрослось.
Прямо "Антивирус Бабушкина" вспоминается.

Создатели ufed и flaggie возомнили, что править конфигурационный файл удобнее всего мышкой. Мне это кажется странным. Вы отчего-то решили пойти по, на мой взгляд, более странному пути, написав жутко автоматизированный аналог echo. Рискуя оказаться несколько старомодным, все же не могу не предложить старый добрый способ редактирования конфигурационных файлов при помощи тесктового редактора, коим пользуюсь от сотворения мира и по сей день. Люди, не желающе "разбираться", под гентой долго не сидят, постепенно переползая на менее брутальные дистрибутивы *nix или даже на (упаси господи!) m$. Если лично вам процесс создания доставляет некий профит в виде удовольствия и/или удобства - это понятно, ибо какой хороший (ленивый?) админ не писал полезных скриптов (жутких костылей?). Вылизывать до уровня паблик проект, который в виду особнностей адептов будет мало востребован - занятие имхо неблагодарное.

PS
>>расскажите, как у вас выглядит каталог /etc/portage

Каталог как каталог. В каталоге файлики. В файликах периодически разгребаемый бардак (комменты от емерге, косяки от кривого эха...). Но это мой бардак. Он соответсвует докам порртажа, и перегонять вручную или автоматом в непонятно для чего "нужный вид" я бы поостерегся.