Проблема с запуском Gentoo

Выполнил ваши инструкции, эффект такой-же
ядро собрано

ls /lib/modules
3.0.6-gentoo

nano /etc/fstab
/dev/sda1    /boot          ext3    noatime    1 2
/dev/sda3    /              ext3    noatime    0 1
/dev/sda4    /home          ext3    noatime    0 0
/dev/sda2    none           swap    sw         0 0
/dev/cdrom   /mnt/cdrom     auto    noauto,ro  0 0
/dev/fd0     /mnt/floppy    auto    noauto     0 0

nano /boot/grub/menu.lst

default 0
timeout 5
splashimage=(hd0,0)/boot/grub/splash.xpm.gz

title Gentoo Linux 3.0.6
root (hd0,0)
kernel /boot/kernel-genkernel-x86-3.0.6-gentoo root=/dev/ram0 real_root=/dev/sda3 init=/linuxrc randisk=8192 udev vga=0x318
initrd /boot/initramfs-genkernel-x86-3.0.6-gentoo

#vim:ft=conf:

ничего НЕ удалял/очищал/прерывал

Он и не должен быть отмечен загрузочным, это вам не windows с её загрузчиком.

Загрузка windwos происходит в два этапа:
1. Загружается первичный загрузчик, находящийся в mbr, "смотрит" таблицу разделов, ищет в ней активный раздел и передаёт на него управление (вызывает из него вторичный загрузчик)
2. Запускается с раздела вторичный загрузчик, если он там есть, ntldr или bootmgr, и в зависимости со своими параметрами загружает ядро windows и файлы драйверов и передаёт ему управление.

В Linux же загрузчику не нужен флаг активности раздела, при установке в mbr сразу прописывается код загрузчика с указанием на каком диске и разделе лежат остальные части загрузчика (grub), или весь загрузчик целиком помещается в mbr (lilo), затем загрузчик загружает ядро и initrd, передаёт ядру параметры и передаёт ему управление.