как докомпилить пакеты

Если вопрос про обновление мира, то при устранении проблем компиляции с пакетом вызвавшем ошибку (как то, убрать его из world, установить опцию skipfirst, замаскировать новую версию, и т.п.) обновление мира продолжится и уже собранные пакеты повторно собираться не будут.

При повсеместном (по умолчанию) использовании --keep-going возможны проблемы, когда ошибка сборки произойдет в пакете, от которого зависит целая взаимная группа. Тогда она продолжится собираться со старым пакетом, и всё это или не заработает, или при устранении проблем в сбойном пакете приведет к повторной пересборке всей группы.

При использовании buildpkgonly, как указано в man и выдержка чего приведена в данном обсуждении, необходимо, чтобы в системе были установлены все пакеты, от которых зависят устанавливаемые/обновляемые. Это имеет смысл только при пересборке мира, для установки системы из бинарных пакетов на компьютере, для которого хочется например заменить набор CFLAGS. (другая архитектура, а состав пакетов прежний).

В случае, если хочется обновляться только на атомарный набор (сборка всего набора произошла успешно), то могу посоветовать такую схему. В стороне разворачивается дубликат имеющейся в наличии системы (1 раз), монтируется и чрутится в соответствие с хендбуком (каждый раз), там производится обновление системы с формированием бинарных пакетов. Далее (в завершении), если не возникло проблем, обновляется мир рабочей системы из полученных бинарных пакетов. (Данный путь тоже не лишен сюрпризов, но если интересно, могу поделиться)

PS. Для дублицирования системы, ее там устанавливать (компилировать) нет необходимости, а нужно снять копию уже имеющейся.

emerge --info