перенос системы с IDE харда на sata

Загрузись, подмонтируй новый винт и скопируй туда всё, потом поправь фстаб.
Что делалось что бы получить это "При клонировании с 40 IDE на 160 sata выдает сообщение kernel panic не найден раздел hdb3" ?

возможно не очень правильно, но я создавал раздел на новом винте (большего размера), затем переносил раздел с помощью dd
dd if=/dev/sda1 of=/dev/sdb1/.
После я проверил новый раздел на ошибки и .... вроде ничего, работает.
Только надо еще подредактировать /etc/fstab а также установить на новый диск загрузчик.
Я для восстановления загрузчика грузился с LiveCD, монтировал новый раздел с сисетмой, chroot'ился в него и устанавливал grub вручную.

Первое, что пришло на ум, пересобрать ядро, отредактировать /etc/fstab и /boot/grub/grub.conf (или lilo.conf)

А я бы через stage4 сделал бы. Потом fstab поправил бы и все.

Есть подозрение, что здесь не только железо старое...
И в такой формулировке задача включает в себя задачу обновления с достаточно старого слепка портов (неопределённой степени нетривиальности).

Рекомендации следующие:
1. Бэкап /etc, дополненный df -h. Сразу же!
2. На новом железе со свежего установочного диска (разбиение по вкусу и задачам), с свежим срезом portage (ещё рекомендую не полениться сделать ревизию USE-флагов) на основании конфигов действующего сервера отстроить систему аналогичной функциональности.
3. Новый сквид с старым конфигом скорее всего взлетит, но всё равно я тебе рекомендую не полениться пересмотреть конфиг сквида с точки зрения твоего сегодняшнего уровня.