опции prefix при сборке через emerge

Строго говоря, никак.
Есть USE-флаги, есть пути установки, прописанные в ebuild'ах. Если что-то нужно, править надо их

несовсем ясно зачем это нужно, впринципе есть префикс установки INSTALL_MASK и есть слоты.

Если хочется самому законфигурить пакет (запуск ./configure - то о чем ты гришь),
но все другие действия произвести в соотвествии с правилами Portage,
то для этого есть низкоуровневая команда ebuild. Почитай маны там все очевидно.
Сам как-то делал это - все работало.

Так-же столкнулся с аналогичной проблемой, и толкового пояснения не нашёл, поэтому пришлось искать решении самому -
не знаю насколько это соответствует идеологии gentoo, т.к. установил этот дистрибутив совсем недавно, но оно работает:
Выясняется версия, в соответствующий версии ebuild в секции econf прописываются необходимые --with, --disable и т.д
после к модифицированному ebuild-у применяется команда:

# ebuild *.ebuild digest

И все собственно, дальше собирается обычным emerge. Проблема в том, что после emerge --sync все изменения
соответственно пропадают, и вот как-бы зафиксировать их? Есть какое-нибудь решение - создать к примеру
в /etc/portage/ файл package.econf или нечто в таком-же духе?