[[SOLVED] Софтина для работы с видео, подскажите]

Вариантов довольно много. Тем более вы не указали исходных данных.
avidemux, kino, kdenlive, pitivi, cinelerra, командострочные transcode и mencoder (из пакета mplayer)

Для mkv

[D] media-video/mkvtoolnix
     Available versions:  2.2.0-r1 ~2.3.0 ~2.4.0 {bzip2 debug flac lzo qt4 wxwindows}
     Installed versions:  2.4.0(12:40:31 26.12.2008)(bzip2 flac qt4 -debug -lzo -wxwindows)
     Homepage:            http://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix
     Description:         Tools to create, alter, and inspect Matroska files

Для остальных форматов mencoder или transcode. cinelerra, kino и kdenlive не трогай - это нелинейные видеоредакторы, она умеют намного больше, но дорожки к видеофайлам цеплять умеют намного хуже. Либо глючат и вылетают, либо умеют работать только с DV фидео (и соответсвующими разрешениями), либо еще что-то.