Вы здесь

два ядра

Посоветуйте, пожалуйста, как скомпилировать два ядра из одних и тех же исходников, так чтобы модули не компилировались в одну и ту же папку...

... не знаю как это сделать правильно, но можно поправить в Makefile (/usr/src/linux) переменную EXTRAVERSION (см. также VERSION,PATCHLEVEL,SUBLEVEL) ...

хмм...

Я именно так и делаю, в переменной EXTRAVERSION меняю или добавляю букву или цифру, модули собираются отдельно; если ядро собирать genkernell'ом, то и ядро имеет собственное название.

Я Gentoo & Funtoo

очень насущный вопрос, ибо занимаюсь заточкой ядра под машину

... попробуйте поправить EXTRAVERSION ...
... модули, правда, будут компильться по месту нахождения сырцов, но устанавливаться в /lib/modules уже с учетом EXTRAVERSION ...

спасибо за помощь, очень помогло!