!!!PANIC!!!

Заархивируй tar'ом, порежь сплитом и пиши на dvd.
ЗЫ Потеря системных файлов - это фигня, с заркал их всегда скачать можно. Свои пользовательский файлы архивируй и настройки системы.

# tar -cf /path/to/backup/pkgdb.tar /var/db/pkg ; cp -Rp /var/lib/portage /path/to/backup/ ; cp -Rp /etc/portage /path/to/backup/

# find /var/db/pkg/ -type d |sed s/"\/var\/db\/pkg\/"//g | grep \/ | sed s/"-[0-9].*"//g |xargs qpkg -P [package directory]

примерно так.

Если проблема в железе, то можешь сделать себе stage4 и потом восстановить систему из него. Мануал по созданию stage4 есть вот здесь:
http://ru.gentoo-wiki.com/Stage4