Пакеты устанавливаемые по emerge -e system

никаким... опция "-e" говорит emerge пересобрать все пакеты и их зависимости относящиеся к system с учетом выбранных USE флагов....

P.S.

man emerge

Напрямую - никак. Либо шамань с опциями, либо
emerge -ep system
при помощи sed выдираешь список пакетов, редактируешь, снова седом склеиваешь в команду для emerge и смотришь.
Только учти, что это мега дирти хак.

По-хорошемук, пойми из-за чего тянутся ненужные тебе пакеты, отключи ненужные use флаги, удили ненужные пакеты из системы, используй /etc/portage/package.*, используй не -e, а другие опции. Все зависит от того, что ты собственно хочешь сделать и что тебе не нравится.
Если ты только что поставил систему и не правил CHOST и не шибко шаманил с use флагами, то забей на emerge -e system. Если ты обновил gcc то делай безоговорочно, если не ищешь приключений на свою голову.