autoconf is missing

Дело вот в чём , нужную версию программ , которые в системе присутствуют в нескольких вариантах , обычной операцией emerge установить в некоторых случаях не удастся , так как emerge выбирает самую первую версию программы , Вам не обходимой , для примера скажем № версии 1.5.9 по этому все последующие версии программы для emerge как бы не существуют . Существует как минимум два способа решения этой проблемы :
1) Полный пере сбор системы emerge world –e можно поставит ещё пару опций как Вам будет угодно , минусы этого пути очевидны это продолжительность самого процесса
2) Применить emerge c не посредственным указанием того скрипта (ebild) который указывает на нужную Вам версию пример
Emerge /usr/portage/……/……/autoconf-2.13ebild точно написать увы не могу
И ещё не большой совет найдите в сети русский man emerge там не плохо всё описано
В Вашем варианте я бы посоветовал всё таки первый вариант , так как Вы делали обновление системы пускай и не до конца но всё же … будет лучше перетрясти систему повторно за одно и утрясти многие зависимости по программам , иногда полезно это делать время от времени .
И ещё маленький совет на будующие обновления , перед тем как обновлять делайте контрольный emerge system –e и за тем emerge world –e это затянет во времени саму процедуру обновления , но за то может сэкономить время в будущем если что то в обновлении пойдёт не так , потому что после этих процедур Вы будете в полной уверенности что весь программный комплекс установленный у Вас работает нормально ,
все зависимости по программному обеспечению соблюдены
удачи !!!