Вы здесь

общий portage

... как правильно организовать общий portage для нескольких ПК? ...

Расшаривать по NFS /usr/portage
Я так и делаю.

portage на домашнем шлюзе, десктоп монтирует его. Никаких косяков не замечено. Поищи в gentoo-wiki статью.