Вы здесь

кодеки - видео вылазит поверх окон

подскажите - с некоторых пор стало видео изображение из всех кодеков и плееров стало поверх всех окон вылазить - оно иногда удобно, но хочется что-б работало по нормальному.

неужели никто не сталкивался с подобной ерундой? видео окошечко пролазит насквозь других.

Наконец найден нетормозящий линукс для нетбуков

Запость скриншот чтоли, со слов не понятно, что значит видео вылазит?

попробуй выводить изображение через другой драйвер.
mplayer -vo help покажет доступные драйвера.