Какой лучше брать кернел

Ванилла - непатченнный с сайта разработчика. Гентосурс - стандартный ванилловский с мелкими патчиками от любимого мантейнера. Есть ветки с различными фичами (патчи к ванилле) типа секурности как хардендед или какой нить модной фичей. Есть ветки не для тех кто на x86 типа для мипсов и спарков. Ежели не знаешь что дает ветка,то вряд ли оно нужно. Имхо бери родной гентосурс.

на ck-sources, говорят что она для десктопов лучше... хотя честно сказать от gentoo-sources разницы не наблюдаю.

Hardened-sources -- ориентировано на безопасность, если конечно это требуется, если у тебя сервер!