Зависимости при конфигурировании

Приветствую.

Я собираю одну программу (код закрыт, это по работе). При конфигурировании вываливается:

 ! dependencies for configured binaries must work, but did not: ambiguous dependency 'stdint.h', can be
/usr/include/stdint.h
  or
/usr/lib64/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.5.4/include/stdint.h
  also detected file
/usr/include/stdint.h
  DIFFER from
/usr/lib64/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.5.4/include/stdint.h

Сконфигурировать никак не получается. Если убрать из путей например /usr/lib64/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.5.4/include, то там оказываются нужные файлы, если /usr/include, то - там.
Вопрос в следующем. Это нормально, что одинаковые по имени заголовочные файлы лежат в разных каталогах? При этом один имеет много кода в себе, другой - только инклудит другие файл. Компилятор gcc-4.5.4, как видно.