[SOLVED]По какому принципу команда emerge --depclean выбирает что удалять?

Не забывайте, что вы пришли в мир открытого кода!

Если есть сомнения/любопытство - исходный код всего всегда доступен для вас!.. и emerge не исключение.

Пользуйтесь свободой свободного мира!

emerge --depclean удаляет те пакеты, которые вы не ставили лично (то есть те, которые не находятся в /var/lib/portage/world), и которые не являются ничьими прямыми зависимостями.
В данном случае - liberation-fonts явно были поставлены не напрямую (emerge liberation-fonts), а как зависимость от чего-то другого (пусть того же adobe-flash). А в данный момент либо adobe-flash нет в системе, либо ту зависимость, по которой им раньше тянулись liberation-fonts, сейчас удовлетворяет другой, поставленный позднее, пакет (например, corefonts).

А установлены ли у вас media-fonts/corefonts ?
Т.к. у www-plugins/adobe-flash-11.2.202.261 в необходимых зависимостях указаны на выбор liberation-fonts или corefonts

|| ( media-fonts/liberation-fonts media-fonts/corefonts ) 

http://sources.gentoo.org/cgi-bin/viewvc.cgi/gentoo-x86/www-plugins/adobe-flash/adobe-flash-11.2.202.261.ebuild?view=markup

Ну а virtual/ttf-fonts-1 - это виртуальный пакет, который предоставляет доступ к шрифтам и в нём на выбор указаны вот эти шрифты:

|| (
16	                media-fonts/dejavu
17	                media-fonts/liberation-fonts
18	                media-fonts/croscorefonts
19	                media-fonts/droid
20	                media-fonts/ttf-bitstream-vera
21	                media-fonts/freefont
22	                media-fonts/corefonts
23	        )"

http://sources.gentoo.org/cgi-bin/viewvc.cgi/gentoo-x86/virtual/ttf-fonts/ttf-fonts-1.ebuild?view=markup

Если у вас уже установлены media-fonts/corefonts, то media-fonts/liberation-fonts уже собственно не особо нужны, в особенности если первые являются зависимостью ещё какого-либо пакета.