[РЕШЕНО] Как найти и удалить "несуществующие пакеты"?

ключевое слово fetch restriction
у тебя ограничение на скачивание одного пакета, и скорее всего это ораклавая java, можно заменить на icedtea.

а список пакетов можно прогнать через grep,
по индикатору в квадратных скобках, в твоем случае будет f или F

Удалять лучше так :

emerge -avc <package_name>

Хотя бы предварительно, так вы увидите список пакетов, которые зависят от удаляемого, ключ '-C' просто удаляет пакет без проверки зависимостей.

Для получения списка пакетов, которые не входят в присутствующие в вашей системе оверлеи можно поступить так:

emerge eix
eix-update

eix -I --only-names | sort > /tmp/installed_list
eix -I --only-names --in-overlay "/usr/portage" | sort > /tmp/portage_list
eix -I --only-names --in-overlay "/var/lib/layman/pro-audio" | sort > /tmp/pro_audio

Первой командой мы получим список всех установленных пакетов, второй - список из основного дерева, третьей - из оверлея "pro-audio".

Теперь надо сравнить списки:

comm -23 /tmp/installed_list /tmp/portage_list > /tmp/dif1
comm -23 /tmp/dif1 /tmp/pro_audio

Вторая команда покажет вам оставшуюся разницу в списке установленных пакетов, а именно, пакетов относящихся к оверлею, которого у вас сейчас нет в системе.

Но я не уверен, возможно не получится, т.к. eix-update выполняется уже после того, как оверлей удалён из системы.

# equery -NC l \* | grep I--
[I--] [??] app-admin/collectd-4.10.3-r1:0
[I--] [??] app-admin/conkyforecast-2.12:0
[I--] [??] app-backup/nautilus-dropbox-0.6.3:0
[I--] [??] app-misc/licen-0.4.0:0
[I--] [??] dev-lang/nasm-2.09.08:0
[I--] [??] x11-misc/pytyle-0.7.4:0

это пакет, который установлен из оверлея НЕ из PORTDIR_OVERLAY и не из PORTDIR
наиболее вероятно, что это просто локальный оверлей, отсутствует в вышеописанных переменных
а найти эти пакеты просто

grep -RH "x-overlay" `find /var/db/pkg/ -name "repository"` | cut -d\/ -f5,6

Спасибо всем. Вечером буду искать.