при входе в gnome не стартует nautilus и как следствие не отображаются иконки рабочего стола и меню при нажатии правой кнопкой, если запустить из терминала
$ nautilus ** Message: Initializing gksu extension...
и все нормально работет, кто знает где прописан стартап для nautilus при входе в gnome?