Как порезать CUE+FLAC на mp3 ?

Не знаю как mp3 (не пробовал), но oggenc -q 8 *.flac в папке c альбомом (потрековый flac) отлично импортировал тэги без всяких танцев с бубном. Пробуйте.

Поставь cue2tracks.

Главный вопрос: а на исходном компакте тэги были? ;)
Как реализовал автоматическое (т.е. при граблении) заполнении тэгов FLAC?
Насколько я помню: файлов по числу треков + CUE-лист? Собственно flac-тэги не заполнены?
В данном случае этот вариант (использование тэгов flac'а) считаю оптимальным.

Далее: mp3 MUST DIE!!!
По моему личному опыту (справделивости ради: глубоко проблему не исследовал, ибо вышеприведённый тезис): в процессе получения mp3 вероятна потеря информации из тэгов.
Если же в качестве целевого формата использовать столь же православный ogg, то ничего делать не надо. Независимо от того, что используешь для кодирования (sox || oggenc) тэгии переносятся корректно в обоих направлениях.

ну, я регулярно кодирую музычку из cue/bin cue/flac cue/ape в aac, ибо качество от CD отличить не могу при существенно меньшем размере чем у аналогичном качестве mp3... + тэги в utf-8 прекрасно читаются моим телефоном nokia 5800 ExpressMusic и поддерживаются картинки...

тут скриптик, который я написал под себя... использовать врят ли будете, но посмотреть как нарезается и как кодируется в aac самое то ;-)

необходимые для работы скрипта пакеты:
app-cdr/cuetools
media-sound/shntool
media-libs/faac
media-gfx/imagemagick-

Отвечу сразу на все.
1) У меня всего два файла, один FLAC и один CUE, в CUE вся нужная инфа есть.
2) Если у меня есть возможность выбирать формат, то я выбираю flac, но мой mp3 плеер жреть только MP3, WMA(DRM 9 и 10), WAV(8 кГц), Audible 4, из всего этого добра я выбрал mp3.

3) Спасибо за скрипты и за наводки, думаю дальше разберусь.