Почистить /etc

Когда-то я тоже загонялся этим... но потом испытал на себе - не надо чистить. Через пару лет обязательно пригодится.
Ну если уж очень хочется, то просто удали руками.

Убрать "/etc" из переменной CONFIG_PROTECT и удалять пакеты. Если они уже удалены, то, наверное, придётся заново их поставить и удалить. Но, как указывают выше - трижды подумай, прежде чем это делать.

В app-portage есть софтина, которая показывает все файлы, которые не принадлежат ни одному пакету. Название к сожалению не помню...

И всё же не забудь поархивировать перед удалением, ибо "хлам - это то, что лежит годами без дела, но понадобится на следующий же день, после того, как будет выброшено" ))

Поищи findcruft. Они мменно этои делает.