обновление portage ломает overlay

Всем привет. Выполняю следующую последовательность действий, приводящую к косяку. Распаковываю stage3, ставлю туда свежее дерево портежей. Устанавливаю свежий portage. В make.conf указываю оверлей с собственными категориями. После этого попытка поставить любой пакет из оверлея приводит к ошибке типа:
'[категория]/[пакет]' has a category that is not listed in /etc/portage/categories

ранее не сталкивался с подобной проблемой, а вот обновление portage приводит к такому. Что изменилось?
Спасибо

PS: я добавил категории в указаный файл и всё поехало. Но почему такого не происходило раньше? Теперь меня мучает этот вопрос.