Best Wiki system - standalone & web-based

Это определение не корректно.
Вики - это скорее технология, которая взяла своё начало, разрабатывалась/развивалась и отрабатывалась на базе веб-сайта.

Сделать wiki-систему на основе "спрятанного" или "интегрированного" web-сервера обычно проще всего, но опять же - необязательно (имеет смысл если надо обеспечивать совместный доступ, чтобы не писать с нуля).

Запросто можно использовать готовую библиотеку для трансляции wiki <-> html и для отображения использовать соответствующий готовый элемент одной из популярных библиотек типа qt, gtk и тп. Для локального пользователя этого вполне достаточно. При желании переносить в будущем информацию в другие системы, достаточно организовать сохранение статей в wiki-формате.