Вы здесь

как правильно сделать 2006.0 -> 2006.1

Не совсем я это понял по докам на gentoo.org :-(
Последовательность - поменять ссылку на профиль, emerge gcc, emerge -e world - будет правильна?
Возникнет необходимость в плясках, описанных в GCC Upgrade Guide?

А подскажите, чем 2006,1 от 2006,1/desktop отличается?

похоже что 2006.1 для сервака, а 2006.1/desktop и так понятно.
поройся в /usr/portage/profiles/

хе. :)
отличие:
diff /usr/portage/profiles/default-linux/x86/2006.1/make.defaults /usr/portage/profiles/default-linux/x86/2006.1/desktop/make.defaults
_________________
AMD Athlon XP, 1800 MHz (13.5 x 133) 2200+
Gigabyte GA-7VA (VIA VT8377 Apollo KT400; Realtek ALC650 @ VIA AC'97 Enhanced Audio Controller; 256Mb(PC2700 DDR SDRAM))
NVIDIA Geforce4 MX 440 AGP8X NV18 Chip Rev A2
"Чайничек" :)

:)

Отличие там в том что в 2006.1 почти все USE в минусе. В desktop много плюсов, но они для десктопа, а в server в плюсе только серверные компоненты:)