Если Вы устанавливаете программы или драйвера вручную в обход системы Portage, например, так:
./configure
make
make install
или используете установщики производителя (nVidia, AMD/ATi и т.п.), то не надо просить помощи на форуме или писать в Gentoo Bugzilla. Вы и только Вы сломали свою систему.
Надеемся, в следующий раз Вы будете умнее и будете ставить все только через Portage!